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VERGERS  de clémentiniers © S. Riolacci

Les recherches à San Giuliano

Analyse de la diversité génétique des agrumes

Analyse de la diversité génétique des agrumes

Mis à jour le 28/01/2014
Publié le 15/02/2013
Mots-clés :

L’analyse de la diversité génétique du complexe d’espèces des agrumes a pour objectif majeur la définition des structures génétiques et la compréhension des mécanismes évolutifs ayant conduit à la structuration actuelle. Cette activité s’appuie sur la présence d’un germplasm conservé sur la station de San Giuliano qui rassemble prés de 1000 variétés de plusieurs espèces cultivées et sauvages essentiellement du genre Citrus. Par ailleurs, l’unité a produit, à travers des collaborations avec le Cirad et Génoscope, un peu plus de 600 marqueurs moléculaires de type SSR (microsatellites) qui constituent une source d’outils pour les analyses de diversité selon leur répartition sur la carte génétique et leur position (dans ou à l’extérieur de gènes). Si les premiers travaux ont permis de confirmer la structuration de la diversité autour de trois espèces ancestrales qui sont à l’origine des espèces secondaires cultivées, nous avons pu démontrer également que, chez ces dernières, le croisement sexué n’a pas contribué à leur diversification et, donc, que seule la mutation somatique est responsable de leur variabilité. Dans la mesure où le nombre de croisements initiaux à l’origine des espèces secondaires est faible (en général hybrides de 2ème génération), notre étude s’oriente maintenant sur le déchiffrage de la structure chimérique de ces génomes en assignant l’origine ancestrale des portions chromosomiques et en positionnant les points de recombinaisons. Cette étude a pour application la reconstruction par croisement assisté par marqueurs de certaines formes cultivées comme le clémentinier ou l’oranger qui ne peuvent être améliorées par croisement à partir des génotypes existants du fait de l’hétérozygotie très élevée et de l’accumulation de mutations délétères récessives. Nous développons pour cela des marqueurs SNP (Single Nucleotide Polymorphism) à partir de gènes déjà cartographiés. Une des orientations de nos travaux dans ce domaine est également le développement des approches de génétiques d’association pour les caractères de qualité des fruits. Une étude de DL (Déséquilibre de Liaison) a été engagée sur le genre Citrus, et sur le groupe des mandariniers qui, compte tenu des paramètres de diversité et d’effectif, semble être le plus propice à cette approche. L’établissement d’une ou de «core » collections pour chaque niveau taxonomique à l’aide de marqueurs génétiques et de caractères phénotypiques est aussi un objectif affiché du programme de diversité génétique pour des évaluations plus exhaustives sur des caractères complexes. Enfin, en lien avec la seconde activité de recherche de l’unité sur les déterminants génétiques et environnementaux de la qualité des agrumes, la diversité phénotypique des composants de la qualité des agrumes ainsi que la diversité allélique des gènes candidat à leur contrôle sont développés pour définir un ou des modèles d’élaboration de la qualité des fruits et alimenter en information et en marqueurs l’étude de déterminants génétique par la cartographie de QTL.

Champs de rattachement : GAP-CT5 Ancien CT1 - Comprendre, conserver et valoriser la diversité génétique végétale Verger d'agrumes en fleurs. © inra, Inra Corse
Verger d'agrumes en fleurs © inra, Inra Corse